一、InnoDB是聚集索引，Myisam是非聚集索引(或者叫辅助索引)

在磁盘中，Innodb存储的文件是frm、ibd，而Myisam是frm、MYD、MYI。

       Innodb：frm是表定义文件，ibd是数据文件

       Myisam：frm是表定义文件，myd是数据文件，myi是索引文件。

可以看到，Myisam比Innodb多了一个索引文件，为什么呢？因为Myisam用的是非聚集索引。

聚集索引：意思是在B+树索引中，B+树的叶子节点保存了完整的数据表的数据记录。

非聚集索引：B+树的叶子节点只存储数据记录的地址。然后还要根据数据地址去到myd数据文件中查找对应的数据记录，如下图：

如果是聚集索引就不用那么麻烦了。聚集索引的索引文件是不分开的，不像非聚集索引，它的索引文件myi和数据文件myd是分开的。

1.1 InnoDB必须要有唯一索引(如果用户没指定，系统会生成一个隐藏列Row_id来充当默认主键)，Myisam则没有这个要求

叶节点包含了完整的数据记录。这种索引叫做聚集索引。因为InnoDB的数据文件本身要按主键聚集，所以InnoDB要求表必须有主键（MyISAM可以没有），如果没有显式指定，则MySQL系统会自动选择一个非空的且可以唯一标识数据记录的列作为主键，如果不存在这种列，则MySQL自动为InnoDB表生成一个隐含字段Row_id作为主键，这个字段长度为6个字节，类型为长整形。

1.2 为什么对于InnoDB而言，主键最好是自增的？

增ID可以保证每次插入时B+索引是从右边扩展的，可以避免B+树和频繁合并和分裂（对比使用UUID）。如果使用字符串主键和随机主键，会使得数据随机插入，效率比较差。

二、InnoDB支持事务，Myisam是不支持事务的

对于InnoDB每一条SQL语言都默认封装成事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好把多条SQL语言放在begin和commit之间，组成一个事务； 

三、InnoDB支持外键，Myisam不支持外键

四、InnoDB支持表锁，行锁(默认)，Myisam只支持表锁

 InnoDB的行锁是实现在索引上的，而不是锁在物理行记录上。潜台词是，如果访问没有命中索引，也无法使用行锁，将要退化为表锁。

如下面例子：

表锁：表级锁定,更新时,锁定机制是整张表被锁定,其它连接无法更新表的数据,效率比较低下.锁的机制成本很少,但大大降低了并发性能

五、InnoDB和Myisam使用对比

Myisam：

1.不需要事务支持的场景,读数据多的网站.

2.并发相对较低的业务,因为表级锁定的机制限制

3.数据修改相对较少的业务.阻塞问题

4.对数据要求一致性不高的业务.

5.占用资源比较少.服务器硬件不好时.可以考虑使用

其余情况可以用Innodb就用Innodb，毕竟默认是Innodb。